肝內膽管細胞癌的鑒別診斷包括：1、原發性的肝癌，部分患者的甲胎蛋白明顯升高，通過增強CT或磁共振可發現動脈期明顯強化，到肝實質期又變成低密度的病灶；2、轉移性的肝癌，患者多有胃癌、結腸癌、乳腺癌等病史，病灶較多，通過增強CT或磁共振可看到牛眼征；3、肝臟的良性疾病，如肝血管瘤，通過增強CT、磁共振可鑒別；4、肝膿腫，即肝臟長有膿包，多伴有寒戰、高燒，查血可出現白細胞增高，CT或磁共振可觀察到肝臟內不規則的病灶，需進行診斷性穿刺。