肝內膽管細胞癌主要根據分期決定不同的手術方式，較早期的腫瘤，可距腫瘤大概2cm切除局部，創傷較少，恢復較快，若腫瘤侵犯到肝臟重要的管道，需通過半肝切除達到根治目的，手術范圍較大，創傷也較大，還會增加并發癥的概率，較晚期的腫瘤伴有血管的侵犯，或淋巴結的轉移，手術更復雜，包括血管切除重建、廣泛的淋巴結清掃、肝外的膽管切除重建等，出現并發癥的概率會更大。