甲狀腺炎的發病原因包括感染性、自身免疫性、放射性原因，其中以自身免疫性原因最常見。感染性原因包括細菌感染、病毒感染、非細菌病毒性感染。細菌感染最常引起急性甲狀腺炎，病毒感染可引起亞急性甲狀腺炎。自身免疫原因，是身體的免疫系統出現問題而引起甲狀腺炎。放射性原因，病人接受了放射性治療或者過度的射線，造成的甲狀腺的破壞，引起放射性甲狀腺炎。