甲狀腺癌實際手術時間的長短與疾病嚴重程度、醫生操作熟練程度有關。腫瘤未侵犯到包膜、周圍重要組織器官，未對神經造成影響，切除一側腺葉加淋巴結清掃約需1小時。兩側腺葉加淋巴結清掃約需1個半小時。根治性切除術需額外增加2個小時。腫瘤侵犯氣管、食管，手術難度需相應增加，時間也有所延長。微創手術比普通手術所需時間更長。