清晨醒來口苦原因有很多，有以下幾種情況：1、口腔疾病：口腔內病變及口腔炎癥均可引起口苦；2、胃部疾病：比如胃炎、幽門螺桿菌感染、十二指腸球部潰瘍等疾病也會引起口苦；3、肝膽系統疾病：肝膽系統疾病引起口苦的原因，首先是膽囊炎、膽汁淤積。膽汁是肝臟分泌產生的，肝臟24小時源源不斷分泌產生膽汁，通過肝內膽道運輸出來儲存濃縮在膽囊。如果膽囊功能不好就會出現膽汁淤積，會覺得清晨有口苦表現。另外在肝功能異常、肝炎、肝硬化等情況下，肝功能不正常時也會出現口苦表現。這時也與膽汁淤積、肝功能不好有關，因此出現口苦。在排除口腔和胃部疾病后，要查腹部彩超，查肝功能，檢查生化，看是否是肝膽系統疾病引起的口苦。