病原微生物侵犯到腦實質稱為腦炎，侵犯到腦膜稱為腦膜炎，根據病情輕重程度，住院時間在14-21天左右。病情好轉者可以繼續在門診接受口服藥物治療。腦炎患者經過治療出院后，常遺留精神癥狀，需要繼續接受藥物治療，及時到醫院復診。單皰腦炎至少要抗病毒治療一個月以上。如合并癲癇發作，至少服用藥物2-3年，根據癲癇控制情況，逐漸減量，直到停用。