支原體肺炎主要通過抗生素治療，所選抗生素包括大環內酯類、紅霉素類以及喹諾酮類，但需注意未滿18歲患者，盡量避免使用喹諾酮類，以免產生副作用，目前國內首選以阿奇霉素為主進行治療，此外可進行中藥輔助治療，如選用清熱化痰、清熱解毒類中藥。部分患者治療后，影像學檢查或實驗室檢查指標均已正常，但可遺留咳嗽、咽癢等癥狀，中醫稱之為風咳，可通過中藥進行疏風止咳治療。