支原體肺炎治療周期為2-3周，支原體引起呼吸道癥狀較輕。由于支原體病變具有自限性，所以少數患者可以不經治療而自愈。由于支原體無細胞壁，因此作用于細胞壁抗生素，例如青霉素或頭孢霉素對其治療無效。需要選擇大環內酯類藥物，例如阿奇霉素或紅霉素，喹諾酮類藥物也具有效果，例如莫西沙星或左氧氟沙星。可以選擇四環素類藥物，例如米諾環素或多西環素，治療周期一般2-3周。 需要根據患者病情輕重調整治療時間。由于阿奇霉素半衰期較長，常在服藥五天后停藥兩天，然后再服藥兩天。支原體經過有效治療可以縮短病程，減輕癥狀，肺內病灶多數4-6周消散。部分患者咳嗽時間加長，可以采用對癥止咳藥物和抗過敏藥物進行治療，同時注意休息，避免冷空氣和煙霧刺激。