當患者出現支原體肺炎時，可以配合中藥進行治療，或者在比較輕癥時用純中藥治療，包括羚羊清肺、清肺抑火丸、清肺化痰丸、橘紅痰咳顆粒。痰不好排出時，可以選用鮮竹瀝液幫助清肺熱、排痰。但是患者需進行中醫辨證，如果辨證合適可以選用相應中藥。患者在疾病發展的后期，通常會咳嗽很久，此時病情并不重，但是慢性咳嗽的時間特別長，對氣道的刺激反應較大，所以后期通過中醫進行養陰的治療較為關鍵。如果患者的支原體肺炎基本痊愈，出現慢性咳嗽時可以選用養陰清肺藥物，如百合固金湯。如果出現咳血絲的癥狀或機體清余熱的能力不足，可以選用二母寧嗽丸清解余熱，幫助殘余痰液排出。