系統性紅斑狼瘡的發病原因及發病機制目前尚不明確，與體液以及細胞免疫功能紊亂有關，同時與環境因素、性激素、病原微生物感染具有一定相關性。系統性紅斑狼瘡具有遺傳性，黃種人發病率較高，與攜帶系統性紅斑狼瘡的致病基因有關。如直系親屬中具有系統性紅斑狼瘡，下一代患有系統性紅斑狼瘡的可能性較高。同時性激素也是誘發疾病的主要原因，好發生于育齡期女性。