系統性紅斑狼瘡的發病機制尚不明確。臨床認為發病與遺傳因素、環境因素、雌激素水平有關，其病機為各種因素相互作用，導致T淋巴細胞減少、T抑制細胞功能降低、B細胞過度增生，進而產生大量自身抗體，與患者體內相應的抗原結合形成免疫復合物，沉積在皮膚、關節、小血管、腎小球等部位，在補體的參與下引起急慢性炎癥、組織壞死，如狼瘡腎炎，抗體直接與組織細胞抗原作用引起細胞破壞。紅細胞、淋巴細胞、血小板的特性抗原與相應自身抗體結合，引起溶血性貧血、淋巴細胞減少、血小板減少癥，最終可導致機體多系統損害。