通過婦檢、B超、CT 、核磁、腫瘤標志物等檢查，以區別子宮肌瘤與卵巢囊腫。子宮肌瘤生長在子宮，婦科檢查中，肌瘤可隨子宮搖擺而搖擺。在超聲影像學檢查中肌瘤顯示旋渦狀結構，而血清腫瘤標志物的檢查值不會增高。卵巢囊腫生長在卵巢，與子宮有一定間隙，以囊性偏多，B超的回聲偏低、清亮，或清亮有黏稠。巧克力囊腫時，血清腫瘤標志物CA125檢查值可顯著升高。