巧克力囊腫是卵巢囊腫的一種類型，又稱子宮內膜異位囊腫。因子宮內膜組織異位至卵巢而發生。不孕不育或痛經的患者做彩超檢查可發現。卵巢囊腫彩超顯示透聲較好，穿刺液是透明的液體，有些卵巢囊腫的患者無需治療。巧克力囊腫彩超檢查透聲渾濁，穿刺液體是巧克力色，發現后均需手術治療。手術后易復發。巧克力囊腫可致女性不孕，少數患者可發生癌變。如囊腫破裂，囊腫液體流至腹腔，可發生自體種植，導致其他部位發生巧克力囊腫。