巧克力囊腫是子宮內膜異位囊腫，一般正常子宮內膜在宮腔，有的病人因發生外在型子宮內膜異位癥引起。外在型子宮內膜異位癥是指有正常功能子宮內膜生長至卵巢，隨月經周期子宮內膜剝脫、出血形成巧克力囊腫，也叫子宮內膜異位囊腫。該類囊腫多數表現為雙側卵巢都發現，可導致盆腔、輸卵管粘連，引起不孕癥。卵巢囊腫來源較多，如上皮性卵巢囊腫、漿液性卵巢囊腫、黏液性卵巢囊腫、生殖細胞、性索間質細胞、轉移性腫瘤等良性、惡性、交界性腫瘤。卵巢囊腫一般在腹腔中，比較輕，活動度較好，不像巧克力囊腫可導致盆腔廣泛粘連，這是最主要、最大區別。