患有卵巢內膜異位囊腫，首先要根據患者年齡、囊腫大小、癥狀，再決定不同內膜異位囊腫治療方法。如果很年輕，如22-23歲還沒有結婚，巧囊2-3cm沒有必要手術。早期內膜異位囊腫可以應用藥物進行控制，最常用的口服避孕藥是一線治療藥物，可以盡早控制早期子宮內膜異位癥。 但如果到生育期，內膜異位囊腫雖然是3-4cm，但會引起不孕，就要積極處理。如果巧囊5-8cm，建議做手術，防止自發破裂引起腹膜播散，所以不同巧囊、不同年齡、不同癥狀有不同處理。