唇腭裂是與遺傳相關的先天性畸形。隔代遺傳指唇腭裂患者的子女沒有發生唇腭裂，但是孫輩患有唇腭裂，從遺傳學角度分析存在此種可能。唇腭裂受遺傳以及環境因素相互作用，其發生率并非100%，遺傳因素和環境因素相互作用以后產生的結果也不確定，因此有家族史的唇腭裂家族發生唇腭裂只是概率發生，而并非必然發生。 完全沒有唇腭裂病史的正常家族，新發唇腭裂患者的比例大概是1/600-1/700，若家族中存在唇腭裂患者，直系親屬出現唇腭裂的可能性要上升20-30倍。此外，唇腭裂的發生具有概率問題，即使唇腭裂患者的子女不是唇腭裂患者，但是再下一代再次出現唇腭裂的可能性依舊存在，唇腭裂可以隔代遺傳。