根管治療第二次和第三次是否疼痛，要根據患者的牙齒實際情況、牙齒的患病情況，以及患者感受其疼痛的閾值、敏感性等綜合而定。1、第二次根管治療：正常情況下，根管治療的第二步多半是牙髓失活治療，進行牙髓失活的時候，將失活劑置入患者的髓腔，甚至對于冠髓已經去除的患者，將失活劑注入相應的根管口，封閉氧化鋅。在操作過程中，如果碰到神經，可能會有疼痛。在牙髓失活的過程中，由于失活劑刺激，可能會使牙髓出現短暫疼痛；2、第三次根管治療：第三次根管治療多半是進行牙體的根管預備治療，可能要將擴管銼深入根管內以及髓腔內，將牙髓取出。如果牙髓失活較完善，在取出的過程中不會出現疼痛，除非是抽出根管口后，可能會刺激其根尖軟組織出現疼痛。