一旦出現隱球菌肺炎，患者要積極治療，去除病因并提高免疫力，如糖尿病病人需將血糖控制達標，隨后針對細菌進行對因治療。對于隱球菌較敏感的藥物包括氟康唑，部分病人使用氟康唑無效，則需要用抗真菌藥物中的兩性霉素B等進行治療，但副作用較大。隱球菌肺炎的治療難度比普通肺炎更大，且療程較長，所以免疫力低下的人群要保護好自己，一旦出現隱球菌肺炎，需盡快到正規的醫院接受規范的治療。隱球菌肺炎屬于真菌性肺炎，而真菌肺炎與細菌性相比治療較困難。通常情況下，免疫力低下的人群易感染真菌，包括隱球菌肺炎，如存在糖尿病、艾滋病、腫瘤或進行移植的病人中易發生。