肺部感染隱球菌而導致的肺部感染稱為隱球菌肺炎。隱球菌是肺部常見真菌感染之一，臨床表現有咳嗽、咳痰，可能出現痰中帶血。部分患者早期沒有任何癥狀，僅于體檢時發現肺部陰影，最后被確診為隱球菌肺炎。隱球菌肺炎通常來源于呼吸道吸入，病人接觸寵物或鳥類的糞便與毛發，上面帶有真菌顆粒，吸入后繼發肺部感染。因此隱球菌是有流行病學史的疾病，人與人之間不會傳染，患者感染隱球菌大部分是因為接觸到有真菌的動物毛發或糞便，尤其是鴿子糞便。 隱球菌感染有個特點，正常的人也會出現真菌感染，而絕大部分真菌感染，通常出現在免疫缺陷的病人。故隱球菌感染比較特殊，即此病菌在正常的免疫人群當中，也可能會出現感染。