左側扁桃體疼痛的原因主要包括以下幾種：1、扁桃體發炎：通常扁桃體發炎是雙側，但是也可出現扁桃體單側發炎的情況。患者出現左側扁桃體發炎時，扁桃體可出現腫大、充血、水腫，并且表面有膿液，需使用抗生素靜脈點滴，才可控制癥狀；2、舌咽神經痛：如果患者出現左側的舌咽神經疼，此時檢查扁桃體正常，沒有充血、腫大、膿液，但是疼痛如同閃電樣，并且無法忍受，陣發性發作后立刻恢復正常。此時即使不用藥物治療，疼痛也立刻緩解；3、莖突過長：莖突是顱底的骨質結構，如果莖突過長，長期可以刺激扁桃體周圍的組織、血管、神經，引起慢性炎癥，患者可出現扁桃體周圍的疼痛。此時患者做頸部CT檢查時，可以發現左側莖突較長，通常在3cm以上。對于此類患者，可以進行莖突的切除手術，從而緩解癥狀。