一邊扁桃體疼痛的常見原因如下：1、一側扁桃體炎：一側的扁桃體炎就會出現一側扁桃體疼痛，另一側扁桃體不疼。此時需要進行消炎治療，包括口服或者靜脈輸液抗生素，同時配合漱口液漱口，也可以含服或口服中成藥；2、一側扁桃體出現異物：比如乳頭狀瘤、角化物或惡性腫瘤等，都可能出現一側的扁桃體疼痛。不管異物是良性還是惡性，建議盡快將扁桃體切除，兩側的扁桃體都需要切除，切除最好在疼痛緩解之后進行。因此，出現一側扁桃體疼痛，需要做咽喉鏡檢查，通過咽喉鏡檢查，可以明確疼痛一側的扁桃體表面黏膜有無炎癥、滲出物，以及滲出物的性狀，比如顏色和黏稠度。除觀察黏膜表面，還應檢查扁桃體及扁桃體周圍是否有新生異物，比如有無突出，若有突出，表面是否光滑，多數情況下是乳頭腫瘤或囊腫，如果表面不光滑，性質可能為惡性。