硫糖鋁主要的不良反應是便秘或腹瀉等現象，還包括偶爾會出現惡心、口干等癥狀。所以在硫糖鋁服用過程中需要注意，如果出現便秘的不良反應，可以適當加服少量的酶乳等清瀉劑，對出現胃痛比較劇烈的患者，可以加適量的抗膽堿藥物，疼痛減輕后再單獨服用硫糖鋁。如果長期大劑量服用硫糖鋁，可能會導致體液中的磷缺乏，此外對肝功能不全或腎功能不全以及透析的患者，要注意慎用或不用。硫糖鋁可以和潰瘍部位的滲出蛋白結合，從而形成附著于潰瘍表面的復合物。此外在體外試驗中發現硫糖鋁白蛋白膜具有抑制氫離子擴散的屏障作用，在臨床研究中發現患者在潰瘍治療過程中，如果服用推薦劑量的硫糖鋁，可以使胃液中蛋白酶的活力下降，此外硫糖鋁在體外試驗中還可以吸收膽鹽。這就提示硫糖鋁通過形成附著于潰瘍表面的復合物，使得潰瘍部位免受胃酸、胃蛋白酶和膽炎的損傷，從而發揮其抗炎的藥理作用。