益生元應該可以治便秘，但益生元治療便秘是間接作用，益生元是腸道微生態系統中較重要組成部分，主要為腸道益生菌提供營養，促進腸道益生菌生長、增殖。益生菌在腸道里發揮較重要作用，可以改變腸道微生態環境，改變腸道pH值、酸堿度，另外可以分解代謝較多所攝入的營養成分，幫助人類吸收有益成分，幫助降解腸道膳食纖維。膳食纖維在益生菌作用下可以生成較多短鏈脂肪酸，比如丁酸、丙酸、乙酸等，能夠促進腸道使堿性環境得到改善，減少毒素產生、吸收，也可以促進腸道分泌胃腸激素，以及5-羥色胺等神經遞質，通過調節腸道多種短鏈生物活性物質來調節神經功能，神經功能又可以反過來促進腸道蠕動加強，腸道功能維護，以此機制治療便秘。益生元治療便秘不會立竿見影，是通過相對較長時間改變腸道微生態環境，增加益生菌數量來改善便秘癥狀。