多數甲亢患者無需長期口服丙硫氧嘧啶，但復發的患者可能需小劑量長期維持，但由于使用劑量較小，所以不存在明顯的不良反應。對于是否需要長期服用丙硫氧嘧啶，應根據專業醫生的意見確定。甲亢的治療主張足量足療程，多數患者使用丙硫氧嘧啶的時間在1.5-2年，甚至可以延長至3-4年，但不會長期口服。若患者在停藥時出現復發，醫生可能會囑患者長期小劑量維持。但此時患者的服藥劑量較小，每天僅服用0.5-1片，所以不會對機體造成過大影響。因為丙基硫氧嘧啶不會在體內蓄積，不良反應相對較少。雖然患者存在個體差異，對于藥物較敏感的患者可能無法服用，但對于能夠服用丙基硫氧嘧啶的患者，長期小劑量服用不存在明確的害處。