丙硫氧嘧啶的副作用，包括白細胞減低、肝損傷、尿中有紅細胞、過敏、皮疹等。任何甲狀腺功能亢進癥均可以引起白細胞減低和肝功能異常，甲狀腺功能亢進癥的藥物包括丙硫氧嘧啶等，也會產生白細胞減低和肝功能異常，因為其均會經過肝、腎進行代謝。所以甲狀腺功能亢進癥的患者用藥后，定期監測甲狀腺功能的同時，還要檢測血常規和肝功能。當患者出現白細胞減低和轉氨酶增高時，可以給予對癥治療，必要時可以將抗甲狀腺的藥物丙硫氧嘧啶減量，甚至停用。此外任何藥物也可以出現過敏反應，包括丙硫氧嘧啶，患者可以出現皮疹或剝脫性皮炎。少部分患者可以出現尿中紅細胞的增多，導致患者出現血尿，甚至腎功能受損。因此甲狀腺功能亢進癥的患者在用藥期間，要在規定時間內找專科醫生進行診治，并監測自身的血常規、肝功能、甲狀腺功能等化驗指標，防止丙硫氧嘧啶副反應的出現。