食道癌病理診斷需通過胃鏡發現病變部位，經內鏡醫生專業判斷夾取表淺病變部位黏膜，送檢病理科制成切片染色后，進行判斷；若經淺表活檢無法確診者，需通過手術切取標本，進行病理科切片染色診斷；送檢后通過觀察顯微鏡下癌細胞形態判斷癌癥類型，國內常見鱗狀細胞癌，美國數據統計常見腺癌；臨床醫生可根據病理科送檢結果，結合患者個人情況進行診斷分析。