自身免疫性腦炎與普通病毒性腦炎相比癥狀較嚴重。自身免疫性腦炎80%愈后較良好，重癥病人需于ICU住院1-5個月不等。抗NMDA受體腦炎死亡率達2.9%-9.5%，抗LGR1腦炎死亡率達6%。發現自身免疫性腦炎需及時至醫院就診，進行免疫治療。多數細胞表面抗原來源的自身免疫性腦炎經免疫治療效果較好；若為細胞內抗原來源的自身免疫性腦炎抗體，則免疫治療效果不佳。