消化內鏡檢查需要的時間并不長，檢查時間主要決定于檢查的相關準備。一般操作胃鏡，幾分鐘即可，但與患者的疾病情況也有關，普通病人可能數分鐘即可，但如果需要活檢，或者是消化道出血需要止血，這些所耗費的時間會相對比較長。結腸鏡檢查一般十分鐘左右，然后還要考慮到患者是否麻醉。麻醉的患者，麻醉前的給藥時間和操作完成后的復蘇時間，總時間加起來可能相對較長。