甲狀腺囊腫分為單純囊腫和復雜性囊腫的治療。單純囊腫指囊腫內全部為液體，囊腫壁光滑，無實質性組織。 單純囊腫治療較簡單，可進行硬化治療，超聲引導下用針將囊腫內液體抽出后，注射硬化劑，達到充分化學消融后將硬化劑抽出。 復雜性囊腫為囊腫壁上存在實性結節，單純硬化只作用于表面，需進行消融治療，在超聲引導下將消融針插入囊內結節中，通過熱消融進行滅活。 另外，囊性部分治療包括兩種方式，繼續硬化治療和單純進行熱消融治療。