治療反流性食管炎，首選的藥物通常包括兩種。一種是抑酸藥，最強大的是質子泵阻滯劑，比如常吃的奧美拉唑、雷貝拉唑，起到抑制胃酸分泌的作用，抑制胃里不產酸，反流的液體沒有酸性腐蝕食管。另外一個常用的藥物是促進消化道動力的藥物，比如莫沙必利，這些藥物吃完之后，會促進胃排空和食管下端的排空，從而減輕酸性液體和食管下端黏膜接觸的時間。生理性反流和一般的輕度反流性食管炎患者，通過藥物治療，都會得到明顯的改善緩解。正規的療程一般是1-2個月，也就是4-8周。如果患者確實規律、正規服藥2個月以后，癥狀沒有緩解，或者癥狀緩解復發。這種情況下，建議患者去做胃鏡，評估胃食管有沒有其它問題，比如部分患者有食管裂孔疝，造成反流的原因是食管裂孔疝，單純吃藥達不到根治性的效果。