感染流腦后主要引起腦膜化膿性炎癥，首先表現為發熱，病源性感染后，出現高熱。除發熱外，患者會出現頭痛、乏力、食欲不振、全身不適，以及敗血癥的表現，如皮膚黏膜出現瘀點、瘀斑，嚴重的患者會出現休克。患者會出現腦膜炎癥狀，主要為頭痛、嘔吐。患者一般可出現意識障礙，腦膜炎嚴重患者會出現昏迷或者腦炎癥狀、腦實質損害、神經系統癥狀及體征等。