胃間質瘤手術根據切除范圍不同，并發癥各異，分為近期、遠期并發癥兩類。術后近期并發癥指住院期間，尤其術后一周以內發生的情況，包括胃內出血、腹腔內出血，輕微出血通過藥物治療、血壓調控能夠很好控制；短時間內大量出血，需要進行急診第二次手術止血。其次，還包括術后疼痛、肺部感染、胸腔積液、消化道反應、腹腔積液、腹腔感染、腹腔膿腫。遠期并發癥包括腸粘連、腸梗阻。