胃間質瘤手術后相關器官并發癥主要有兩種，第一種并發癥為出血，為最常見的并發癥；第二種并發癥是吻合口瘺，手術將腫瘤及連同的胃壁切除后重新縫合，愈合中可能形成瘺道。此外，手術相關器官以外的并發癥，如術前合并有老慢支或慢性肺部感染的老年人、常年吸煙者，術后可引起肺部感染。中老年合并糖尿病者，術后可能導致手術切口的愈合延遲，易感染。