小腸鏡檢查操作較為復雜，所以相比大腸鏡檢查其價格較高。大腸鏡的檢查費用約為300元，小腸鏡的檢查費用約為5000元。小腸鏡檢查由于醫生操作時間較長并且耗材較大，費時費力。小腸鏡檢查對觀察小腸的病變，起到至關重要的作用。目前觀察小腸病變也可以通過膠囊小腸鏡，這種方法患者舒適度更高，但膠囊小腸鏡與腸鏡檢查存在區別，建議患者遵從專業醫生的診療方案。