小腸鏡檢查首先需要做麻醉，麻醉有插管麻醉與靜脈麻醉，大部分人做靜脈麻醉。經口小腸鏡跟胃鏡檢查路徑相同，只是到達胃、十二指腸后，繼續靜止往下推進，一直檢查到上段小腸。經肛小腸鏡與結腸鏡途徑相似，只是到回盲部時，繼續向上推進，檢查完整回腸部位。經口小腸鏡準備跟胃鏡準備相似，經肛小腸鏡跟結腸鏡準備相同。 小腸鏡主要檢查小腸，小腸比較長，一般人小腸約有5m-6m，小腸鏡進鏡途徑有兩個方向，經口小腸鏡和經肛小腸鏡，經口小腸鏡主要檢查小腸上段，即空腸部位，經肛小腸鏡主要檢查小腸下半段，即回腸部位。通常大部分患者通過這兩個方向，能夠完整檢查小腸。也有部分患者，即使通過經口或者經肛小腸鏡檢查，仍然有部分小腸沒有觀察到部位。