小腸鏡常用雙氣囊小腸鏡，通常分兩次進行，一次是從口側進入如同胃鏡檢查，另一次從肛側進入進行，排除胃或結腸問題，明確小腸病變。對操作者要求較高，若病人無法耐受，可選擇無痛小腸鏡進行檢查。 首先患者應進行腸道清潔，病人為側臥位，如同胃鏡過程。醫生操作時可經過食管、胃進入小腸，由于腸鏡長度一定，無法深入后，在此部位標記鈦夾或組織夾，擇期或當天重新從肛側進入；其次經過肛門、直腸、乙狀結腸，以及降結腸、橫結腸、升結腸再到回盲部，再往小腸深入，盡可能找到之前標記點。到達標記點說明兩次檢查匯合，可觀察小腸情況，根據所觀察情況診斷，或進行活檢以及治療等，為小腸鏡檢查全過程。