腸鏡檢查通常只查大腸，很少查小腸的具體原因如下：1、小腸發病率低：查腸鏡的目的是為了篩查腫瘤，而小腸腫瘤發病率卻非常低；2、小腸鏡耗時長、費用高：過去小腸是診斷的盲區，因為腸道里最長的不是大腸，只有1米左右，而小腸的長度卻有6-8米，像曲折的山路彎彎曲曲，層層疊疊，小腸鏡檢查操作難度非常大，大腸鏡不麻醉也可以做，雖然可能會比較難受，但是大部分可以完成檢查。而小腸鏡檢查比較痛苦，因為病人太難受，在清醒狀態下不能完成檢查，所以必須在麻醉下進行檢查，耗時長，費用也較高。除小腸鏡以外，膠囊內鏡也主要檢查小腸，并不是膠囊內鏡只能查胃。膠囊內鏡查小腸是相對較好的方法，但膠囊內鏡費用比較高。