原發性結石是原發于尿路系統的結石，該概念在上尿路結石較少提及。一些確定因素，如尿道狹窄、尿道黏膜損傷、尿道先天發育畸形，導致在下尿路形成結石，稱為原發性尿道結石。膀胱局部黏膜損傷或膀胱出口梗阻形成的膀胱結石，稱為原發膀胱結石。原發性結石和繼發性結石的處理無本質區別。根據下尿路結石的病因，治療應去除病因，如尿道狹窄導致的繼發性尿道結石，以解決尿道狹窄為主；膀胱出口梗阻，如老年前列腺增生后導致的原發性膀胱結石，處理膀胱結石的同時解除膀胱出口梗阻，如做前列腺增生相關手術。