絕大部分的肝硬化都有原因，比如乙肝肝硬化、丙肝肝硬化、酒精性肝硬化等，也有非常少的肝硬化患者找不到原因，可以認為是原發性肝硬化。這一部分肝硬化占比非常少，不到5%。這種暫且稱作原發性肝硬化的疾病，也可能只是病因不是特別明顯，而并非沒有病因，通常稱之為隱源性肝硬化，常見的引起隱源性肝硬化的情況如下：1、乙肝病毒：乙肝病毒造成的隱源性肝硬化比較常見，因為極個別乙肝病毒患者，乙肝病毒指標不明顯，比如乙肝5項全是陰性，HBV-DNA也是陰性，而肝組織中有非常少量的乙肝病毒存在，這樣的情況下，診斷肝硬化的病因時比較困難，需要做肝臟的病理學檢查，在肝組織中查找乙肝病毒；2、遺傳因素：如特發性門脈高壓癥，表現就是有門脈高壓，和肝硬化相似，但是肝組織沒有明顯的炎癥損傷，也沒有假小葉。這種情況下，需要做肝臟穿刺才能確診；3、特發性肝纖維化：即肝臟有纖維組織的增生，但是沒有肝硬化的假小葉，多見于多囊肝患者。多囊肝患者會伴有肝臟的纖維化，導致門脈高壓。肝膽管的囊性擴張癥也會引起肝臟的纖維組織增生，導致門脈高壓，但是沒有假小葉，這樣的患者不能稱之為肝硬化，只能稱之為原發性肝纖維化。