胃鏡檢查一般不會對胃有損傷。做完胃鏡后部分病人會胃痛，是由于胃鏡檢查時需充氣將胃擴張開，才可清楚觀察胃內病變，在胃鏡結束前，會將氣體盡量吸出來，但部分氣體會通過小腸進入大腸，導致胃脹、打嗝、肛門排氣增加。 因為做胃鏡本身對消化道為異常刺激，部分患者可能有痙攣性痛。若做胃鏡檢查發現糜爛或潰瘍等則需取少量組織活檢，這種輕微黏膜損傷加上自主意識會覺得胃鏡損傷嚴重，會產生胃痛，但短時間內可緩解，也可找消化科醫生或者其他專業醫生進行妥善處理，胃鏡檢查后的注意事項，醫生都會做出詳細解釋。