卵巢巧克力囊腫的手術方式包括開腹和腹腔鏡手術，通常以腹腔鏡手術為首選，因為腹腔鏡手術具有損傷小、恢復快及粘連少等優點。卵巢巧克力囊腫屬子宮內膜異位癥，臨床通過腹腔鏡診斷、手術及術后用藥作為治療標準。卵巢巧克力囊腫腹腔鏡手術與開腹手術相比無較大危害，由于腹腔鏡手術屬于電外科手段，在囊腫剝除以后，創面主張縫合處理，而不主張使用單極電軸，因為可能造成電損傷，導致卵巢功能受到損害，目前一直采用術后用線縫合，促使卵巢成形、止血。