卵巢的巧克力囊腫(巧囊)與卵巢的多囊卵巢綜合征(多囊)，是兩種疾病，常見區別如下：1、巧克力囊腫：主要是包塊性質的疾病，即卵巢上生長的囊腫，由于囊腫當中充滿液體，液體的性質如巧克力的顏色，是比較黏稠、陳舊的血液，因此稱為巧囊。其是特殊類型的子宮內膜異位癥，子宮內膜異位癥的病灶生長到卵巢上。巧克力囊腫影響懷孕，但是不干擾內分泌和排卵，內分泌結果比較正常，巧克力囊腫的患者一般沒有代謝的問題，也沒有高雄激素或者高泌乳素的問題；2、多囊卵巢綜合征：是以排卵障礙、內分泌失調、高雄激素以及代謝問題為主要臨床表現的疾病，多囊卵巢綜合征的患者由于不排卵或者稀發排卵，因此也不容易懷孕。多囊卵巢綜合征的患者通常在排卵障礙之外，還有一系列其他的問題，包括超重、肥胖、胰島素抵抗、高血糖，甚至是高血脂等代謝問題。