所謂的巧囊，指的是卵巢的子宮內膜異位囊腫。由于卵巢子宮內膜異位囊腫有較多黏稠的暗褐色液體，這種狀態比較類似于巧克力液，所以被稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫的治療方法包含一些保守治療，也包含手術治療。1、藥物治療：巧克力囊腫的治療可以選擇一些口服的藥物或者是注射的藥物來進行治療，這一類的藥物大多數都屬于激素類的用藥。激素類的用藥包含假孕療法，即孕激素的一些制劑，也包括有促性腺激素釋放激素激動劑。這樣的一類假絕經療法，是為了讓巧克力囊腫里的異位的子宮內膜萎縮，這種情況下將能夠減少巧克力囊腫的體積，同時也能夠減輕癥狀。但是需要注意，上述的這些用藥進行巧克力囊腫治療，首要的前提是務必要排除巧克力囊腫惡變的可能，一旦存在巧克力囊腫性質不明，或者是懷疑有惡性可能的時候，還是建議要及早地手術治療；2、手術治療：就手術治療而言，也分為保守性的手術和根治性的手術。可以選擇巧克力囊腫的剝除，如果對于生育沒有任何的要求，甚至已經完成生育功能的患者而言，也可以選擇附件區的卵巢切除，甚至如果伴隨有一些比較嚴重的盆腔子宮內膜異位癥的患者，還可以選擇根治性的手術。由此可見，巧克力囊腫的治療方法多種多樣，具體選擇哪一種方法，還是需要結合不同患者的年齡、生育要求癥狀的嚴重程度、是否合并有惡性情況的可能等，進行綜合的判定和選擇。巧克力囊腫的治療，最主要的目的是縮小病灶，或者是減除病灶。同時還需要減輕患者由于患有巧克力囊腫而存在的一些疼痛，這種疼痛主要是以痛經為主。另外，對于生育年齡有生育要求的患者，巧克力囊腫的治療還需要考慮到應當保留促進生育功能。在進行巧克力囊腫治療之后，還應當注意減少術后或者是治療之后的復發。