慢性功能性便秘與腸道菌群關系密切，采用益生菌等微生態制劑，改善腸道微生態，可有效治療便秘。以往認為患者長期服用導瀉劑可導致腸神經損傷，便秘難以治愈，因傳統觀念認為腸神經和腦神經均屬于永久細胞，損傷后無法修復，而近年來科學研究發現，微生態制劑調節腸道菌群可促進腸神經多能干細胞再生，取代原有腸神經，逐漸恢復腸道正常生理功能，緩解便秘。