多數腸胃炎引起的發燒可伴有腹瀉癥狀。治療時，應首先化驗大便，檢查大便內有無白細胞等，此時應警惕是否合并痢疾。北方地區常見飲食不當，應警惕細菌性痢疾，其發病急且重，需高度警惕。其次，應化驗血常規。由于部分腸胃炎引起的發燒癥狀較重，因此應根據化驗結果選擇抗生素，包括普通沙星類抗生素或頭孢類抗生素。一般引起的發燒以消炎為主。