急性心肌炎主要是病毒感染，因此一般的自然病程是5-7天，發病后24-72小時內病情最重，病人可出現心臟功能明顯受損，嚴重的可出現心肌頓抑，此期間患者死亡率較高。但只要渡過重癥期，病情可慢慢好轉，進入恢復階段。恢復需要多長時間與病情的嚴重程度有關。輕者在家里休息1-2周就可以了；若重癥爆發性心肌炎，甚至需要進行葉克膜治療，恢復時間較長。如果是年輕患者，可能是一到兩個月，年齡比較大的患者可能需要半年。