頸動脈斑塊手術沒有百分之百安全，且手術或多或少會產生并發癥，患者可選擇有經驗的醫生或醫療團體、治療中心，以降低并發癥的發生率。頸動脈斑塊手術包括開放式手術及介入微創手術，術后共同的并發癥主要是缺血性腦卒中及腦出血，病情較重，可引起明顯的后遺癥，如半身不遂、失語等，而其它的小的并發癥，其發生率較前者相對較高，但易處理，不易引起明顯的后遺癥。