針對單純腸結核無需進行手術治療，通過抗結核治療，或輔以營養支持治療，多數患者可以痊愈。如果發生腸梗阻，甚至腸穿孔及慢性潰瘍，導致腸子之間的瘺道形成，甚至個別患者與膀胱，或與女性陰道，形成瘺道，需通過手術治療。部分患者因為慢性潰瘍，引起腸管出血，通過內科治療無法控制，也需要急診手術。對于腸結核已確診的患者，治療效果不好，回盲部及腹腔癥狀較重，經過磁共振或CT，發現腹腔具有較多診斷不明的包塊，亦需要手術探查。如果腸結核合并消化道腫瘤，診斷不明時需要通過手術。