灰質異位癲癇自愈的可能性較低。灰質異位是神經元遷移到異常部位，而導致神經元異常發電，屬于先天性發育異常引起的較難治性癲癇。臨床上可通過藥物治療，控制神經元異常放電，或通過手術切除，控制癲癇發作。除非灰質異位范圍極小，后期通過人體的自身修復，可能使癲癇不發作，但概率較小。所以在出現灰質異位引起癲癇發作時，應積極干預，控制癥狀。