灰質異位癲癇手術效果確切，有效率可達到80%以上。只要精準定位結節，通過熱凝或手術切除方法，即可達到完全根治。但癲癇手術并不像腫瘤手術，真正評估手術是否成功，需要等待兩年時間，如果術后早期仍有發作現象，可進行持續藥物治療，直到腦電圖檢查放電現象緩解。若術后2年癲癇未發作，且腦電圖也不放電，則證明已得到完全根治。